Cosa sono i peptidi che pendano dalle cellule?

I peptidi che penetrano con cellule sono piccoli peptidi che possono facilmente penetrare nella membrana cellulare. Questa classe di molecole, in particolare i CPP con funzioni di targeting, promette di un efficiente consegna di farmaci alle cellule bersaglio.

Pertanto, la ricerca su di essa ha un certo significato biomedico. In questo studio, i CPP con diverse attività transmembrane sono stati studiati a livello di sequenza, cercando di scoprire i fattori che influenzano l'attività transmembrana dei CPP, le differenze di sequenza tra CPP con attività diverse e non CPP e introdurre un metodo per l'analisi delle sequenze biologiche.

Le sequenze CPPS e non CPPS sono state ottenute dal database CPPSite e diverse letterature e peptidi transmembrane (HCPPS, MCPPS, LCPPS) con attività transmembrana alta, media e bassa sono state estratte dalle sequenze CPPS per costruire set di dati. Sulla base di questi set di dati, sono stati condotti i seguenti studi:

1, l'amminoacido e la composizione della struttura secondaria di diversi CPP e non CPP attivi sono stati analizzati da ANOVA. È stato scoperto che le interazioni elettrostatiche e idrofobiche degli aminoacidi hanno svolto un ruolo importante nell'attività transmembrana dei CPP e la struttura elicoidale e la avvolgimento casuale hanno anche influenzato l'attività transmembrana dei CPP.

2. Le proprietà fisiche e chimiche e le lunghezze dei CPP con diverse attività sono state visualizzate sul piano bidimensionale. È stato scoperto che CPP e non CPP con diverse attività potrebbero essere raggruppati in alcune proprietà speciali e HCPPS, MCPPS, LCPPS e non CPPS sono stati divisi in tre cluster, mostrando le loro differenze;

3. In questo documento, viene introdotto il concetto di centroide fisico e chimico della sequenza biologica e i residui che compongono la sequenza sono considerati punti di particelle e la sequenza è astratta come un sistema di particelle per la ricerca. Questo metodo è stato applicato all'analisi dei CPP proiettando CPP con diverse attività sul piano 3D con il metodo PCA, e si è scoperto che la maggior parte dei CPP si è cluster insieme e alcuni LCPP raggruppati insieme a non CPPS.

Questo studio ha implicazioni per la progettazione di CPP e comprendere le differenze nelle sequenze di CPP con attività diverse. Inoltre, il metodo di analisi del centroide fisico e chimico delle sequenze biologiche introdotte in questo documento può essere utilizzato anche per l'analisi di altri problemi biologici. Allo stesso tempo, possono essere usati come parametri di input per alcuni problemi di classificazione biologica e svolgere un ruolo nel riconoscimento dei pattern.