Schema di progettazione e soluzione della catena peptidica polipeptidica

I. Riepilogo
I peptidi sono macromolecole particolari, per cui le loro sequenze sono insolite nelle loro caratteristiche chimico-fisiche.Alcuni peptidi sono difficili da sintetizzare, mentre altri sono relativamente facili da sintetizzare ma difficili da purificare.Il problema pratico è che la maggior parte dei peptidi sono leggermente solubili in soluzioni acquose, quindi nella nostra purificazione, la parte corrispondente del peptide idrofobico deve essere disciolta in solventi non acquosi, pertanto è probabile che questi solventi o tamponi siano gravemente incompatibili con l'uso di procedure sperimentali biologiche, in modo che ai tecnici sia severamente vietato utilizzare il peptide per i propri scopi, in modo che i seguenti siano diversi aspetti della progettazione dei peptidi per i ricercatori.

Schema di progettazione e soluzione della catena peptidica polipeptidica
In secondo luogo, la scelta corretta dei peptidi sintetici difficili
1. Lunghezza totale delle sequenze sottoregolate
Peptidi con meno di 15 residui sono più facili da ottenere perché la dimensione del peptide aumenta e la purezza del prodotto grezzo diminuisce.Poiché la lunghezza totale della catena peptidica aumenta oltre i 20 residui, la quantità precisa del prodotto è una preoccupazione fondamentale.In molti esperimenti è facile ottenere effetti inaspettati abbassando il numero di residui al di sotto di 20.
2. Diminuire il numero di residui idrofobici
I peptidi con una grande predominanza di residui idrofobici, specialmente nella regione 7-12 residui del C-terminale, solitamente causano difficoltà di sintesi.Questa è vista come una combinazione inadeguata proprio perché nella sintesi si ottiene un foglio B-fold.“In questi casi, può essere utile convertire più di due residui positivi e negativi, oppure inserire Gly o Pro nel peptide per sbloccare la composizione del peptide”.
3. Downregulation dei residui “difficili”.
"Esistono numerosi residui Cys, Met, Arg e Try che generalmente non sono facilmente sintetizzabili."Ser verrà tipicamente utilizzato come alternativa non ossidativa a Cys.
Schema di progettazione e soluzione della catena peptidica polipeptidica

In terzo luogo, migliorare la scelta corretta del solubile in acqua
1. Regolare il terminale N o C
Rispetto ai peptidi acidi (cioè caricati negativamente a pH 7), l'acetilazione (acetilazione N-terminale, C terminale mantenendo sempre un gruppo carbossilico libero) è particolarmente consigliata per aumentare la carica negativa.Tuttavia, per i peptidi basici (cioè caricati positivamente a pH 7), l'amminazione (gruppo amminico libero all'N-terminale e amminazione al C-terminale) è particolarmente raccomandata per aumentare la carica positiva.

2. Accorciare o allungare notevolmente la sequenza

Alcune sequenze contengono un gran numero di aminoacidi idrofobici, come Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr e Ala, ecc. Quando questi residui idrofobici superano il 50%, di solito non sono facili da dissolvere.Potrebbe essere utile allungare la sequenza per aumentare ulteriormente i poli positivo e negativo del peptide.La seconda opzione è quella di ridurre la dimensione della catena peptidica per aumentare i poli positivo e negativo riducendo i residui idrofobici.Più forti sono i lati positivo e negativo della catena peptidica, maggiore è la probabilità che reagisca con l'acqua.
3. Mettere un residuo solubile in acqua
Per alcune catene peptidiche, la combinazione di alcuni amminoacidi positivi e negativi può migliorare la solubilità in acqua.La nostra azienda consiglia l'N-terminale o il C-terminale dei peptidi acidi da combinare con Glu-Glu.È stato dato il terminale N o C del peptide base e poi Lys-Lys.Se il gruppo caricato non può essere posizionato, Ser-Gly-Ser può essere posizionato anche nel capolinea N o C.Tuttavia, questo approccio non funziona quando i lati della catena peptidica non possono essere modificati.